习近平对在港两院院士来信作出重要指示强调：促进香港同内地加强科技合作，支持香港为建设科技强国贡献力量，有关部门迅速做好贯彻落实工作，有序推进内地与香港科技合作。
2017年6月，24名在港中国科学院院士、中国工程院院士给中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平写信，表达了报效祖国的迫切愿望和发展创新科技的巨大热情。习近平对此高度重视，作出重要指示并迅速部署相关工作。他强调，促进香港同内地加强科技合作，支持香港成为国际创新科技中心，支持香港科技界为建设科技强国、为实现中华民族伟大复兴贡献力量。
习近平指出，香港拥有较雄厚的科技基础，拥有众多爱国爱港的高素质科技人才，这是我国实施创新驱动发展战略、建设创新型国家的一支重要力量。长期以来，香港科技界为香港和国家发展作出了重要贡献。
习近平强调，促进香港同内地加强科技合作，支持香港成为国际创新科技中心，发挥内地和香港各自的科技优势，为香港和内地经济发展、民生改善作出贡献，是在香港实行“一国两制”的题中应有之义。要重视香港院士来信反映的问题，抓紧研究制定具体政策，合理予以解决，以支持香港科技界为我们建设科技强国、为实现中华民族伟大复兴贡献力量。
根据习近平总书记重要指示精神，科技部、财政部高度重视、多次召开专门会议，将香港科技创新力量作为国家创新体系和创新实力的重要组成部分，从国家整体科研布局和支撑香港自身发展两个层面，研究加强内地与香港科技合作的相关举措，并会同中央政府驻港联络办充分听取香港特区政府和科技界的意见建议，先行试点，特事特办，坚决迅速做好贯彻落实工作。
目前，在港两院院士来信反映的国家科研项目经费过境香港使用、科研仪器设备入境关税优惠等问题已基本解决。国家重点研发计划已对香港16个国家重点实验室港澳伙伴实验室直接给予支持，并在试点基础上，对国家科技计划直接资助港澳科研活动作出总体制度安排。香港在内地设立的科研机构均已享受到支持科技创新的进口税收政策，澳门2个国家重点实验室港澳伙伴实验室也得到了国家科技计划直接支持，香港、澳门科技界反响热烈。下一步，国家有关部门还将系统落实习近平总书记重要指示精神，支持爱国爱港科研人员深入参与国家科技计划，有序扩大和深化内地与香港科技合作。